一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发一只狗和一只猫在沙漠里流浪着，它们的肚子都很饿，正无力地前行，忽然发现前面地上有一饭盒，它们迫不及待上前打开，里面出来个神仙，说可以帮它们每个完成一个愿望，猫急切地说，我要鱼，我想吃鱼…呼一声它们面前出现一条又大又飘香的鱼，神仙接着问狗想要什么。狗皱了皱眉头说，我比较喜欢吃骨头，帮我把鱼变成鱼骨。呼一声后，猫两眼发直地看着狗在吃着鱼骨…生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……