一只狗和一只猫在沙漠里流浪着，它们的肚子都很饿，正无力地前行，忽然发现前面地上有一饭盒，它们迫不及待上前打开，里面出来个神仙，说可以帮它们每个完成一个愿望，猫急切地说，我要鱼，我想吃鱼…呼一声它们面前出现一条又大又飘香的鱼，神仙接着问狗想要什么。狗皱了皱眉头说，我比较喜欢吃骨头，帮我把鱼变成鱼骨。呼一声后，猫两眼发直地看着狗在吃着鱼骨…

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……