公司包车去旅游，早上8点在公司楼下坐车，临近出发时间，有个女同事上车后还没找到合适的位置，旁边一个男同事拍拍大腿对她说：“来，坐我这里！”女同事说：“哼，才不呢，我是仟金啊，就担心怕你不能吃！”男同事：“哪能吃不消，看我的仟斤顶！”喇叭鸣了，全公司的人爆笑了……

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。