《Free男子游泳部剧场版》讲述小学时期，四位隶属游泳学会一只狗和一只猫在沙漠里流浪着，它们的肚子都很饿，正无力地前行，忽然发现前面地上有一饭盒，它们迫不及待上前打开，里面出来个神仙，说可以帮它们每个完成一个愿望，猫急切地说，我要鱼，我想吃鱼…呼一声它们面前出现一条又大又飘香的鱼，神仙接着问狗想要什么。狗皱了皱眉头说，我比较喜欢吃骨头，帮我把鱼变成鱼骨。呼一声后，猫两眼发直地看着狗在吃着鱼骨…的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，悠闲度日的高中生少年七濑遥，突然有一天遇到他小学时代的游泳社的伙伴松冈凛。凛一边怀旧的同时向遥提出挑战，结果凛将遥压倒性击败。以此为契机，遥决定跟高中同校的橘真琴和叶月渚重新集结，加上新成员龙崎怜以及经理松冈江成立岩鸢高中的游泳部。充满跃动感的男子高中生，展开了这个关于游泳、青春与羁绊的物语