创圣纪0011年的地球，由于11年前记得一次过年，我大爸在门上贴福字，我弟看着好奇问为什么倒着贴，我大爸说"倒着贴就是福到的意思"，于是他拿起一张一元钱的纸币，也倒着往门上贴，结果我大爸很生气的看到他，我弟说"这样子就是钱到的意思多嘛"，我大爸回一句"瓜娃子，你这是倒贴钱"。的大异变，人类丧失了2/3的人口。南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「VectorMachine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。VectorMachine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…